生物分子的分離純化是獲得有效生物產品的重要環節之一，在重組蛋白純化過程中需要考慮目的物性質，合理選擇及組合具有各自特點及優勢的層析技術，才能達到最優的純化效果，滿足目標產品產量、純度等多方面的要求。蛋白的分離純化及制備過程中，會產生沉淀，這些沉淀有可逆和不可逆2種。

若發生可逆沉淀后，可以嘗試通過增加溶劑，調節pH，添加助溶劑等方式來處理；若發生不可逆沉淀，則可以選擇離心，過濾等方式去除。一般下列因素會影響蛋白純化過程中沉淀的形成。

1、影響蛋白純化過程中沉淀形成的影響因素

（1）蛋白自身性質

如膜蛋白及一些疏水性高的蛋白就很容易發生疏水聚合而沉淀，做過膜蛋白提取以及包涵體溶解時都有切身體會。在表達還有二硫鍵鍵的蛋白時特別容易形成包涵體蛋白，所以蛋白的氨基酸序列中，含硫氨基酸較多時也容易形成沉淀。

（2）pH值

蛋白質大多數都在高pH時溶解性高，低pH時易沉淀，這可能與氫鍵的形成有關。但有時候更低pH時蛋白又溶解了，這一現象在我們用親和層析純化抗體時特別常見。鹽濃度就是鹽析效應，高濃度的鹽破壞蛋白的水化層，使得蛋白質聚集沉淀，常用的就是硫酸銨沉淀。鹽析沉淀通常對蛋白質的高級結構沒有破壞，再溶時活性可以完全恢復。常見的例子就是硫酸銨沉淀純化IgG。同樣，硫酸銨沉淀也常碰到不可逆的情況，例如大腸桿菌(Escherichiacoli)表達的重組蛋白往往在硫酸銨沉淀后再溶困難。

（3）有機溶劑

例如丙酮沉淀，但有機溶劑也不是全部對蛋白起沉淀作用，有時候也有助溶作用。例如有些膜蛋白的有機溶劑抽提。

（4）溫度

高溫或低溫都有可能使得蛋白質沉淀。煮沸沉淀常見了，低溫沉淀的例子有血液制品的冷乙醇沉淀。

（5）表面活性劑
對蛋白質有助溶作用。例如做電泳的SDS就是很強的表面活性劑，還有TWEEN，Triton等等。

（6）還原劑

還原劑往往對蛋白質有助溶作用。有些蛋白當加入的還原劑在空氣中慢慢氧化后，就會沉淀析出。變性劑如尿素、鹽酸胍，包涵體蛋白在用變性劑溶解后，再去除變性劑經常會沉淀析出。